生命科学分野の論文を幅広く網羅した「PubMed」の使い方や検索のコツを解説
Tokaihit- 1 日前
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PubMedは、生命科学分野に関する数千万件以上の論文が収録された世界最大級の医学論文データベースです。だれでも無料で最新の研究にアクセスできるため、日常的に利用される研究者の方も多いかと思います。そこで今回の記事では、PubMedの基本情報や効率よく論文を検索するコツなどを解説し、簡単に利用するための使い方についてまとめてみました。効率よく論文を探したい方やPubMedをまだ使い慣れていない方には特におすすめしたい内容ですので、ぜひ最後までご覧ください。
目次
1．PubMedの基本情報
1-1）PubMedとは
PubMedは、米国国立医学図書館（NLM）が提供する、世界最大級の医学論文データベースです。医学、生物学、歯学など、生命科学分野に関する論文の情報や抄録を無料で検索、閲覧することができます。2024年現在で約3500万件以上の文献データが収録されており、一部の文献は本文（フルテキスト）を見ることもできるため、多くの研究者の文献調査に利用されています。
1-2）PubMedの特長
PubMedの特長を一文で表すと、「無料」で「最新」の文献データを検索できる「論文検索エンジン」です。
PubMedのデータは、アメリカ合衆国連邦政府が運営する米国国立図書館（NLM：National Library of Medicine）によって作成されており、インターネットでのフリーアクセスが可能になっています。また、PubMedでは毎日2000件～4000件の論文が追加されており、日々最新の研究情報へと更新されています。もちろん、最先端の研究情報を無料で閲覧できることは大変魅力的なのですが、膨大な量の文献データから自分に最適な論文を見つけ出すには、検索する際の注意が必要です。PubMedには優れた検索機能やちょっとした検索のコツもありますので、ここからはPubMedの検索方法について紹介していこうと思います。
2．PubMedの基本的な検索方法
2-1）検索の基本ルール
PubMedのトップページ（上図）では、検索窓にキーワードを打ち込むことで論文を検索できます。
基本のルールとして、検索キーワードは大文字と小文字で区別はされません。どちらで検索しても検索結果は同じになります。さらに、名詞は単数でも複数でも自動で同時検索されます。
検索条件を細かく設定する際は、画面の詳細検索を選択すると、検索のフィールドを絞ったり、ANDやOR、NOTの論理演算などを使って検索することができます。
2-2）論理演算を用いた検索
PubMedはAND検索、OR検索、NOT検索といった論理演算を用いた検索が可能です。
この時、論理演算子となる「AND」「OR」「NOT」は必ず大文字で入力してください。
小文字の場合は検索キーワードとしてみなされて検索されてしまいます。
また、括弧を使うと演算の優先順位を決めることができます。
AND検索 | cancer AND medicine | 「cancer」と「medicine」の両方を含む文献を検索 |
OR検索 | cancer OR heart disease | 「cancer」もしくは「heart disease」のいずれかを含む文献を検索 |
NOT検索 | cancer NOT liver cancer | 「cancer」のうち「liver cancer」を含まない文献を検索 |
（cancer OR heart disease） AND medicine | 「cancer」もしくは「heart disease」のいずれかを含み、かつ「medicine」を含む文献を検索 |
また、複数の単語をまとまりとして検索する「フレーズ検索」や、指定した文字列で始まる単語を含む文献を検索する「前方一致検索」など、様々な検索方法があります。
フレーズ検索 | "heart disease" | 「""」内の単語の順番や組み合わせが完全に一致する文献を検索(heartのみやdiseaseのみはヒットしない） |
前方一致検索 | neur* | 指定した文字列で始まる単語を含む文献を検索 （neuron,neuralなどが検索結果に含まれる） |
2-3）拡張機能の利用
PubMedでの検索効率を向上させるために、ブラウザの拡張機能を活用することもできます。
本記事では、その中でも下記の2つの拡張機能を紹介します。
PubMedXは合同会社エミュインが提供する、文献タイトルや抄録に和訳を追加する拡張機能です。
無料でインストール可能なPubMedの拡張機能のひとつで、検索ボックスに日本語を入れると自動で英語に変換して検索します。また、文献が掲載されている雑誌のインパクトファクター（IF）を検索結果に表示することができ、IFの高い論文は背景色が濃く表示されるため、重要な文献を見つけやすくなります。
PubMed CLOUDは株式会社ケアネットが提供する、PubMedの医学文献データベースをより便利に活用するためのWEBサービスです。WEBサービスのため、インストールなどの作業はありません。PubMedと同じように検索ボックスの自動英訳機能があるため、英語の苦手なユーザーでも日本語で効率よく文献検索ができます。文献をフォルダで管理したり、ライブラリの作成なども可能です。また、スマートフォン版もあり、PC版同様にストレスなくPubMed検索ができるようなツールとなっています。
3．MeSH（シソーラス）検索
3-1）シソーラスとは
シソーラスとは、同義語や類義語を一つの統制語のもとに集めた辞書のことです。PubMedでは、このシソーラス「MeSH」をもとに効率よく検索が行われます。例えば、「うれしい」と検索したとき、「楽しい」や「面白い」といった似たような意味を持つ言葉が使われる情報も探し出します。また「料理」と検索をすると、「レシピ」や「食材」、「レストラン」といった関連が予想されるキーワードも含めて検索結果を出します。
さらに、これをPubMedのシソーラス「MeSH」に置き換えて考えてみます。
「MeSH」では、Cancer、Tumor、Neoplasiaなどの類義語は、「Neoplasms」を統制語として設定しています。つまり、「Neoplasms」で検索をすると、内容に「Neoplasms」と含まれていなくても、Cancer、Tumor、Neoplasiaが含まれていれば、その文献情報は検索結果に出てきます。これにより、検索した単語以外のキーワードも網羅できるため、検索漏れを減らせるとともに、ノイズを減らして、検索効率を上げることができます。
3-2）MeSH検索の方法
まず、PubMedのトップページ（2-1参照）から、Exploreの「MeSH Database」をクリックします。
次に、検索窓にMeSHで調べたいキーワードを入力します。今回は「stem cell（幹細胞）」を入力してみます。
検索すると、「stem cell 」の候補に当たるようなキーワードが検索結果に表示されます。このキーワードのことを、「MeSH term」と呼びます。
今回は、一番上に表示された「Stem Cells」をクリックします。
それぞれの「Mesh term」をクリックすると、大きく分けて下の4つが表示されます。
MeSH termの説明文
Subheadings
MeSH termの同意語・類義語、上位・下位階層のキーワード
MeSH検索のビルダー
今回は「Stem Cells（幹細胞）」なので、①では幹細胞の一般的な説明がされています。
次に②のSubheadingsですが、これはMeSH termと組み合わせて検索すると有効なキーワードが表示されています。表示されたキーワードには、「immunology（免疫学）」、「metabolism（代謝）」、「pathology（病理学）」などが出てきています。③には「MeSH term」の同義語や類義語や上位・下位の階層のキーワードが表示されます。④の「Add to search builder」をクリックすると、チェックを入れたSubheadingsのキーワードと合わせて、MeSHを使った検索を行うことができます。
4．保存とメール転送
検索した文献情報を保存したい場合は、検索窓の下に表示されている「Save」から行うことができます。また、チェックボックスにチェックをいれることで、複数の論文の情報を保存することもできます。「Email」では文献情報をメール送信することができます。「Send to」をクリックすると、チェックを入れた文献データをクリップボードに蓄積できるので、まとめて保存することもできます。
5．まとめ
今回は、論文検索エンジン「PubMed」の使い方に焦点を当てて解説しました。
記事の内容をまとめると、以下の通りです。
PubMedを一言であらわすと、「無料」で「最新」の文献データを「誰でも検索できる」ツールである
PubMedでは論理演算やシソーラスを用いた詳細な検索を行うことができる
論文データの保存も一括で行うことが可能
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